Nel 1997 Jacques Zoon è stato nominato Primo Flauto della Boston Symphony Orchestra. Con Seiji Ozawa è stato solista nel concerto per flauto di Mozart in sol maggiore, e con Bernhard Haitink è stato solista in “Halil” di Bernstein (2001). Durante il Tanglewood Festival si è esibito nel concerto per flauto di Mozart con Roberto Abbado (2001).
Appare regolarmente come solista con molte rinomate orchestre, tiene recital e partecipa a festival in tutto il mondo.
Nel maggio 2002 ha suonato i concerti per flauto di Mozart con la Boston Baroque Orchestra su un flauto classico, che è stato il suo debutto ufficiale sugli strumenti d’epoca, ricevendo anche grandi lodi. Due anni dopo li ha registrati entrambi con loro per la Telarc.
Nel 1998 Zoon è stato nominato “musicista dell’anno” dal Boston Globe.
Nel 1981, insieme al pianista Bernd Brackman, ha vinto il secondo premio al concorso Willem Pijper. Nel 1987 gli è stato assegnato il “Prix special du Jury” al concorso Jean-Pierre Rampal a Parigi. Nel 1988, al concorso di Scheveningen, ha vinto non solo il terzo premio, ma anche il premio per una composizione contemporanea.
Come solista e musicista da camera ha realizzato varie registrazioni per Philips, Decca, DG, Vanguard Classics, Schwann-Koch, Pony Canyon, NM-Classics e Boston Records. Nel 1997, insieme al pianista Bernd Brackman, ha ricevuto un Edison per la registrazione di un repertorio olandese contemporaneo per flauto e pianoforte. La sua ultima registrazione, il concerto per flauto di Mozart in re maggiore con Claudio Abbado e l’orchestra Mozart, sarà presto pubblicata per Sony records.
Il suo interesse attivo per il flauto comprende anche gli aspetti tecnici per migliorare lo strumento, e attualmente collabora con Williams Flutes Boston nello sviluppo di un nuovo tipo di flauto di legno.
Dal 1988 al 1994 Zoon ha insegnato al Conservatorio di Rotterdam e dal 1994 al 1997 all’Università dell’Indiana. Dal 1997 al 2001 ha insegnato alla Boston University e al New England Conservatory. È poi diventato professore di flauto alla Hanns Eisler Hochschule di Berlino, Germania, ma si è trasferito a Ginevra nel settembre 2002, dove attualmente è professore di flauto al Conservatorio.
Lo scorso settembre è stato nominato professore di musica da camera presso la Queen Sofia Music School di Madrid.
Dal 2004 è il flautista principale dell’Orchestra Mozart e dell’Orchestra del Festival di Lucerna, entrambe dirette da Claudio Abbado.